A finales de los años setenta empezaron a presentarse las primeras desapariciones forzadas en Colombia, las que estuvieron dirigidas contra reconocidos militantes de izquierda (sindicalistas, estudiantes, intelectuales, entre otros), de partidos políticos de oposición como el Partido Comunista, o integrantes de organizaciones insurgentes capturados por fuera de combate. Eran épocas en las que poco se sabía de este crimen, que no se consideraba una conducta criminal en el país y que se justificaba por las autoridades judiciales y políticas señalando que se trataba de personas extraviadas o que habían decidido hacer parte de grupos insurgentes. Los datos de aquella las víctimas en su mayoría han sido recogidos por las organizaciones de de derechos humanos que sistematizaron muchos de los casos en sus bases de datos, pero permanecen en la absoluta impunidad.
 
La práctica coincide con la puesta en marcha de los manuales de operación militar definidos en el decreto 1537 de 1974 conocido como estrategia de defensa y seguridad nacional y el decreto 1923 de 1978 que amplía las facultades a la fuerza pública para el juzgamiento de civiles y le otorga poderes judiciales a la policía. En ambos decretos la población civil es tenida como objetivo de la lucha contrainsurgente ya que en ella “se fundamenta la existencia de los grupos subversivos”  y por lo tanto hacia ella dirigen las operaciones de inteligencia, de guerra sicológica y de “defensa” contenidas en los referidos manuales. Es bien conocida la estrategia de clasificar a la población en listas negras, grises y blancas, a los cuales se les aplica diferentes modalidades de agresión, entre ellas la desaparición forzada. Es también la época de fortalecimiento de la estrategia paramilitar con el surgimiento del MAS (Muerte A Secuestradores) en el Magdalena Medio y que posteriormente se expande por todo el país.
 
Para los años ochenta, el crimen se vuelve generalizado y permanente porque los grupos paramilitares, con la complicidad de las fuerzas armadas, retomaron la práctica como una de las modalidades de agresión y terror contra la población campesina a quienes capturaban, torturaban, asesinaban y luego desparecían como una forma de apropiarse de sus tierras y bienes, o incluso como forma de implementar proyectos estratégicos de infraestructura o de explotación de recursos naturales. Para la década de los noventa la desaparición forzada se convirtió en el crimen de lesa humanidad preferido por los grupos paramilitares y tenía tres fines esenciales: 1. Exterminar y desaparecer líderes sociales y políticos. 2. Realizar acciones de exterminio contra sectores de la población considerados indeseables como mujeres prostituidas, drogadictos, población LGTB e indigentes. 3. Como forma de disciplinamiento y control social de poblaciones enteras a quienes se les aplicaba esta modalidad para generar terror y así acabar con cualquier intención de denuncia u oposición a la estrategia paramilitar.
 
Algunos paramilitares han confesado que la desaparición forzada, como método generalizado de terror, tenía una intención adicional ordenada por los militares: bajar las cifras de homicidios y masacres que estaban generando serios señalamiento de la comunidad internacional por los informes y denuncias de organizaciones de derechos humanos nacionales e internacionales.
 
 
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